올해 연말정산분부터 의료비를 신용카드로 지불한 경우 의료비 공제와 신용카드 공제를 동시에 받을 수 있게 된다.

아울러 임시투자세액공제 제도의 일몰 시한이 내년 말까지로 1년 연장되고, 세액공제율도 수도권 과밀억제권역 안 3%와 밖 10% 등으로 차등 적용된다.

기획재정부는 9일 이 같은 내용의 소득세법 및 조세특례제한법 시행령 개정안을 마련했다고 9일 밝혔다.

최영록 재정부 조세정책과장은 이날 정부과천청사에서 가진 브리핑을 통해 “국회의 세법 개정안 처리와 관련, 세법 시행령 개정은 소득세법과 조특법, 그리고 관세법 시행령 4개 등 시급한 사항을 연내에 우선 완료키로 했다”면서 이 같이 소개했다.

조특법 시행령 개정안에 따르면, 의료비를 신용카드로 지불한 경우에 대해선 그동안 연말정산시 의료비 공제 또는 신용카드 공제로만 공제 혜택을 받을 수 있었으나 올해 근로자 연말정산분부턴 중복 적용이 가능해진다.

의료비 공제는 총급여액의 3%를 초과하는 금액의 100%를, 또 신용카드 공제는 총급여액의 20%를 초과하는 금액의 20%를 각각 소득공제를 받을 수 있게 된다.

또 개정안은 제조업 등 31개 업종의 기업이 설비투자를 하는 경우 세액공제해 주는 ‘임시투자세액공제 제도’의 일몰 시한은 올해 말에서 내년 말까지로 1년 간 연장토록 하고, 세액공제율은 수도권 과밀억제권역 내 투자는 3%, 과밀억제권역 이외 지역은 10%를 각각 적용키로 했다.

아울러 개정안 8년 자경농지가 공익사업용으로 수용되는 경우의 양도소득세 감면과 관련, 현재의 양도시점(보상금 수령시점) 기준시가가 아닌 ‘보상액 산정시 기준시가’를 기준으로 감면세액 계산 방식을 바꾸기로 했다.

이와 함께 소득세법 시행령은 양도소득세 중과대상에서 제외되는 실수요 2주택자의 범위도 확대키로 했는데, ▲현행 근무상 형편으로 인해 주택을 취득한 경우 외에도 취학, 질병 용양 등의 사유를 추가하는 대신 ▲투기수단으로의 악용을 방지하기 위해 취득가액 3억원 이하 주택으로 한정키로 했다.

그밖에 비사업용 토지에 대한 양도세 중과제도와 관련해서도, 개정안은 농지, 임야, 목장용지 또는 상속 용지로서 8년 이상 직접 농촌에서 자경한 직계존속으로부터 상속 또는 증여받은 경우엔 중과 대상에서 제외키로 했고, 공익사업용으로 수용된 토지는 사업인정고시일이 2006년 말 이전이며 5년 이상 보유한 경우에 대해 60%의 높은 중과세율 대신 기본세율을 적용하고 장기보유특별공제 혜택도 받을 수 있도록 했다.

현재는 10년 이상 보유 토지에 대해서만 양도세 중과 규정을 면제하고 있다.

한편 최 과장은 이날 발표한 소득세법 및 조특법 시행령 개정안 외에 "관세법 시행령 개정안에 대해선 이르면 이번 주말쯤 그 내용을 발표하고, 세법 개정에 따른 시행령 개정은 내년 1월 착수할 예정"이라고 덧붙였다.